Zakład Epidemiologii i Mikrobiologii Klinicznej (ZE)

Struktura i personel

Kierownik Zakładu: prof. dr hab. med. Waleria Hryniewicz

Sekretariat Kierownika Zakładu Epidemiologii i Mikrobiologii Klinicznej:
Asystent - mgr Beata Mazińska
tel/fax: 022 841-33-67
fax: 022 841-29-49
e-mail:  sekret

Pracownicy Zakładu Epidemiologii i Mikrobiologii Klinicznej
Pracownicy naukowi:
Dr n. biol. Elżbieta Literacka - eliteracka; tel. 022-851-46-70
Dr n. med. Anna Skoczyńska - skoczek;
Dr n. med. Elżbieta Stefaniuk - estefaniuk; tel. 022-851-46-70
Dr n. med. Dorota Żabicka - dzabicka; tel. 022-851-46-70
Mgr biol. Marcin Kadłubowski - kadlubek; tel. 022-851-46-70

Dr Alicja Kuch - akuch; tel. 022-851-46-70
Mgr Katarzyna Bojarska
Mgr Ewa Jagiełło
Mgr Monika Kozarska - monikag; tel. 022-851-46-70
Mgr Agnieszka Kubalak; tel. 022 841-12-33
Mgr Janusz Strzelecki; jstrzelecki; tel. 022-851-46-70 wew. 230

Mgr Aleksandra Kozińska; tel. 022-841-40-71 wew. 288
Mgr inż. Katarzyna Malinowska; tel. 022-841-40-71 wew. 288
Mgr Monika Orczykowska; tel. 022-841-40-71 wew. 288
Mgr Natalia Pietrzak - pionmikrobiol; tel. 022-841-12-22
Mgr Izabela Waśko; tel. 022-841-12-33
St. technik Małgorzata Herda; tel. 022-851-46-70
Techn. chemik Anna Klarowicz; tel. 022-841-12-33
Pomoc laboratoryjna Agnieszka Sajko; tel. 022-841-40-71 wew. 208

KRAJOWY OŚRODEK REFERENCYJNY DS. LEKOWRAŻLIWOŚCI DROBNOUSTROJÓW (OL) Kierownik: dr n. med. Dorota Żabicka
e-mail: : dzabicka tel. 022-851-46-70

KRAJOWY OŚRODEK REFERENCYJNY DS. DIAGNOSTYKI BAKTERYJNYCH ZAKAŻEŃ OŚRODKOWEGO UKŁADU NERWOWEGO (OZ)
tel. 022 841-12-33
Kierownik: dr. n. med. Anna Skoczyńska - skoczek;

Sekretariat Zakładów; Epidemiologii i Mikrobiologii Klinicznej (ZE) i Mikrobiologii Molekularnej (ZM):
Mgr Natalia Pietrzak
tel. 022-841-12-22
fax: 022-841-29-41
emial:  pionmikrobioldzabicka

Działalność naukowa ZE

Działalność ZE obejmuje:
  • badania nad szpitalnymi i pozaszpitalnymi czynnikami etiologicznymi zakażeń, ich zjadliwością i ocenę lekowrażliwości oraz mechanizmów oporności na leki w Polsce
  • molekularne mechanizmy zjadliwości i oporności wybranych gatunków bakterii Gram ujemnych i Gram dodatnich
  • monitorowanie częstości występowania szczególnie niebezpiecznych patogenów tzw. "patogenów alarmowych" oraz mechanizmów oporności w skali całego kraju
  • identyfikację, charakteryzowanie szczepów/klonów epidemicznych wybranych drobnoustrojów oraz poznawanie dróg ich rozprzestrzeniania, zwłaszcza struktury klonalnej populacji patogenów w Polsce wraz z charakterystyką klonów epidemicznych, celem podejmowania działań zmierzających do ich opanowania i działań profilaktycznych
  • utrzymywanie kolekcji bakteryjnych kultur typowych i szczepów izolowanych z zakażeń i nosicielstwa dla celów naukowych i diagnostycznych (największa kolekcja patogenów bakteryjnych człowieka w Polsce "MIKROBANK" zawierająca ponad 26000 szczepów)
  • ocenę testów i sprzętu diagnostycznego oraz udział w badaniach klinicznych leków przeciwbakteryjnych, w tym nowych substancji
  • opracowywanie ekspertyz epidemiologicznych i raportów, będących podstawą zaleceń w diagnostyce mikrobiologicznej i racjonalnej antybiotykoterapii
  • prowadzenie kursów podyplomowych krajowych (Centrum Medyczne Kształcenia Podyplomowego) i międzynarodowych (np. European Society of Clinical Microbiology and Infectious Diseases, American Society for Microbiology)

Projekty badawcze ZE

  • Projekt badawczy KBN Nr 2P05A 05230 :" Analiza locus sdr Staphylococcu aureus: polimorfizm i regulacja"
  • Projekt badawczy KBN Nr 401 178 32/3572 "Dynamika populacji Streptococcus pneumoniae opornych na penicylinę w Polsce"
  • Projekt badawczy SPUB MIKROBANK II
  • Projekt w ramach wieloletnich programów ochrony zdrowia Ministerstwa Zdrowia "Ogólnopolska sieć monitorowania lekooporności i konsumpcji antybiotyków oraz optymalizacji diagnostyki, profilaktyki i terapii zakażeń szpitalnych i bakteryjnych zakażeń ośrodkowego układu nerwowego OPTY-NEURON-ESAC"
  • Międzynarodowy, wieloośrodkowy projekt monitorowania oporności drobnoustrojów na leki "SENTRY Global Antimicrobial Surveillance Program"
  • Projekty badawcze realizowane w ramach programów Unii Europejskiej:
    • Mastering Hospital Antimicrobial Resistance and its Spread into the Community (MOSAR)
    • Approaches to Combat multi-resistant Enterococci: Studies on molecular ecology, horizontal gene transfer, fitness and prevention (ACE).
    • Biological agents: Strengthening the Adequate response to deliberate releases by the establishment of Framework European-wide (BIOSAFE)
    • Implementing Antibiotic Strategies (ABS) for Appropriate Use of Antibiotics in Hospitals in Member States of the European Union (ABS INTERNATIONAL).
    • Combating resistance to antibiotics by broadening the knowledge on molecular mechanisms behind resistance to inhibitor of cell wall synthesis - COBRA
    • ESAC - European Surveillance of Antibiotic Consumption UE
    • EARSS - European Antibiotic Resistance Surveillance System UE

Realizacja tematów Planu Naukowego NIL - 2007

  • Analiza polimorfizmu genu kodującego białko PspA w głównych klonach inwazyjnych Streptococcus pneumoniae
  • Analiza rozprzestrzenienia różnych mechanizmów oporności na antybiotyki
  • β-laktamowe wśród szczepów pałeczek Haemophilus influenzae izolowanych z zakażeń w Polsce
  • Analiza występowania poszczególnych typów i podtypów serologicznych w populacji Neisseria meningitidis w Polsce za pomocą badań polimorfizmu genów porA i porB
  • Charakterystyka białek PBP i kodujących je genów w izolatach wieloopornych klonów Streptococcus pneumoniae Poland23F - 16 i Poland6B - 20
  • Opracowanie nowej strategii charakterystyki opornych na meticylinę szczepów Staphylococcus aureus (MRSA) do badań epidemiologicznych na dużą skalę
  • Analiza epidemiologiczna zakażeń wywoływanych przez Staphylococcus aureus na oddziałach zabiegowych w Polsce

ZE wspólpracuje z:

ZE bierze udział w wielu międzynarodowych programach i sieciach zajmujących się problematyką zakażeń (zwłaszcza opornością na leki oraz rozprzestrzenianiem się patogenów opornych) i dzięki temu polskie dane epidemiologiczne są włączane w raporty międzynarodowe dotyczące tych zagadnień (szczegółowe informacje w punkcie dotyczącym projektów badawczych)

Współpraca krajowa:

  • Szpitalne i pozaszpitalne, publiczne i niepubliczne laboratoria mikrobiologiczne na terenie całej Polski
  • Wydział Biologii Uniwersytetu Warszawskiego
  • Polskie Centrum Badań i Certyfikacji
  • Polskie Centrum Akredytacji
  • Wojewódzkie i Powiatowe Stacje Inspekcji Sanitarnej

Współpraca naukowa międzynarodowa:

  • Uniwersytet Rockeffelera w Nowym Jorku, Stany Zjednoczone
  • Instytut Mikrobiologii i Epidemiologii w Pradze, Republika Czeska
  • Centers for Diseases Control and Prevention, Atlanta, Stany Zjednoczone
  • Hershey University, Pensylwania, Stany Zjednoczone
  • Instytut Roberta Kocha, filia w Wernigerode, RFN
  • Uniwersytet w Munster, Niemcy
  • Instytut Zdrowia Publicznego (RIVM) w Bilthoven, Holandia
  • Dijkzigt Hospital w Rotterdamie, Holandia,
  • Children Vaccine Initiative (WHO)
  • Instytut Zdrowia Publicznego w Celje, Słowenia
  • Elisabethinen Hospital, Linz, Austria
  • UT-Medical School, Houston, USA
  • Uniwersytet w Antwerpii, Belgia
  • Smolensk State Medical Academy, Smoleńsk, Rosja
  • Pathologisch-Bacteriologisches Instytut KA Rudolfstifung Wien, Austria

Udział w międzynarodowych sieciach naukowo-badawczych i grupach roboczych

  • European Antimicrobial Resistance Surveillance System - EARSS (EU)
  • European Surveillance of Antibiotic Consumption - ESAC (EU)
  • Pneumococcal Molecular Epidemiology Network (PMEN)
  • Centre for Molecular Epidemiology and Network of Epidemiology for Tracking Antibiotic Resistant Bacterial Pathogens in Southern and Eastern Europe (CEM/NET)
  • European Monitoring Group on Meningococci (EMGM)
  • Ogólnoświatowa Sieć Badań Oporności Drobnoustrojów na Leki i Epidemiologii - SENTRY Global Antimicrobial Surveillance
  • Udział w międzynarodowym programie kontroli jakości organizowanym przez Światową Organizację Zdrowia wspólnie z Centers for Diseases Control and Prevention w Atlancie (CDC/WHO)
  • National External Quality Assessment Scheme (UK NEQAS)

ZE oferuje usługi w zakresie:

  • potwierdzanie poprawności identyfikacji czynników etiologicznych i oznaczanie ich lekowrażliwości metodami referencyjnymi wraz z dokładnym wykrywaniem mechanizmów oporności bakterii odpowiedzialnych za szpitalne i pozaszpitalne zakażenia w Polsce
  • monitorowanie wrażliwości i mechanizmów oporności na leki, cech serologicznych drobnoustrojów i charakterystyka genetyczna izolatów bakteryjnych
  • ocena testów mikrobiologicznych i aparatury diagnostycznej
  • prowadzenie dochodzeń epidemiologicznych i opracowywanie ekspertyz epidemiologicznych we współpracy z personelem szpitali, Zakładem Mikrobiologii Molekularnej oraz z Zakładem Profilaktyki Zakażeń i Zakażeń Szpitalnych
  • opracowywanie raportów, będących podstawą zaleceń w diagnostyce mikrobiologicznej i racjonalnej antybiotykoterapii
  • badania kliniczne nowych leków przeciwbakteryjnych (jako centralne laboratorium mikrobiologiczne lub laboratorium mikrobiologiczne koordynujące i nadzorujące pracę innych laboratoriów)
  • działalność konsultacyjna świadczona na rzecz laboratoriów mikrobiologicznych i lekarzy praktyków

Wyposażenie ZE:

  • Cieplarki - cieplarka z CO2 1 szt., cieplarki - 5 szt;
  • Boksy laminarne - 2;
  • Lodówki - 8 szt., zamrażarki - 3 szt.;
  • Łaźnie wodna z pokrywą i wytrząsarką - 2 szt., medyczna łaźnia wodna - 1 szt.;
  • Wirówka MPW-50;
  • Autoklawy 2100 classic - 2 szt.;
  • Kuchenka mikrofalowa Panasonic;
  • System do odczytu testów lekowrażliwości met. dyfuzyjno-krążkową: Biomic;
  • Systemy do identyfikacji i oznaczania lekowrażliwości drobnoustrojów ATB Expression, Vitek;
  • Denley - wielopunktowy inokulator do testów wrażliwości metodą rozcieńczeń w agarze;
  • Oprzyrządowanie warunkujące standaryzację metod badawczych ZE;
  • Mikroskop Olympus z dostawką immunofluorescyjną;
  • Sekwenator DNA ABI PISM 310 Genetic Analyzer (Applied Biosystems);
  • Sekwenator DNA 3100 Avant Genetic Analyzer (Applied Biosystems);
  • Aparat do PCR GeneAmp PCR System 9700 (Applied Biosystems);
  • Aparat do PCR PTC-200 Peltier Thermal Cycler (MJ Research);
  • System do elektroforezy pulsacyjnej CHEF-DR II System (BioRad);
  • System do elektroforezy pulsacyjnej CHEF-DR III System (BioRad);
  • Aparat do elektroporacji GENE PULSER II (BioRad);
  • Sonikator SONIFIER 250 (Branson);
  • Zamrażarki -86oC FREEZER (Forma Scientific) - 2 szt.;
  • Zamrażarka -70oC VX350 Series 2 (Jouan);
  • Zestawy do elektroforezy;
  • System wizualizacji żeli UVP Gel Documentation System.

ZE - ważne publikacje

  1. Kawalec M., Pietras Z., Danilowicz F., Jakubczak A., Gniadkowski M., Hryniewicz W., Willems RJ.
    Clonal Structure of Enterococcus faecalis Isolated from Polish Hospitals: characterization of Epidemic Clones.
    J Clin. Microbiol. 2007 Jan, 45 (1): 147-53
  2. Empel J., Filczak K., Mrówka A., Hryniewicz W., Livermore D. M. and Gniadkowski M.
    Outbreak of Pseudomonas aeruginosa Infections with PER-1 Extended-Spectrum beta-Lactamase in Warsaw, Poland: Further Evidence for an International Clonal Complex.
    J Clin Microbiol., 2007, 45 (9): 2829-2834
  3. Sadowy E., Izdebski R., Skoczyńska A., Gniadkowski M., Hryniewicz W.
    High genetic diversity of ciprofloxacin-nonsusceptible isolates of Streptococcus pneumoniae in Poland.
    Antimicrob. Agents Chemother., 2005, 49(5) : 2126-9
  4. Skoczyńska A., Kadłubowski M., Empel J., Hryniewicz W. Characteristics of Haemophilus influenzae Type b Responsible for Meningitis in Poland from 1997 to 2004.
    J. Clin. Microbiol., 2005, 43(11) : 5665-5669
  5. Szczypa K., Sadowy E., Izdebski R., Strakova L. Hryniewicz W.
    Group A streptococci from invasive disease episodes in Poland are remarkably divergent at the molecular level.
    J Clin. Microbiol., 2006 Nov :3 975-3979
  6. Łuczak-Kadłubowska A., Krzysztoń-Russjan J., Hryniewicz W.
    Characteristics of Staphylococcus aureus strains deficient in species-specific proteins isolated in Poland, 1996-2004.
    J. Clin. Microbiol., 2006 Sep 27
  7. Skoczyńska A., Kadłubowski M., Waśko I., Hryniewicz W.
    Characterisation of Neisseria meningitidis C:2b:P1.2,5 isolates in Poland.
    Clin. Microbiol. Infect., 2006, 12(10) : 1027-30
  8. Cookson BD, Robinson DA, Monk AB, Murchan S, Deplano A, de Ryck R, Struelens MJ, Scheel C, Fussing V, Salmenlinna S, Vuopio-Varkila J, Cuny C, Witte W, Tassios PT, Legakis NJ, van Leeeuwen W, van Belkum A, Vindel A, Garaizer J, Haeggman S, Olsson-Liljequist B, Ransjo U,Muller-Premru M, Hryniewicz W, Rossney A, O'connell B, Short BD, Thomas J, O'hanlon S, Enright MC.
    Evaluation of Molecular Typing Methods in Characterizing a European Collection of Epidemic Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus (MRSA) - the HARMONY collection.
    J Clin Microbiol., 2007, 45 : 1830-1837
  9. Sadowy E., Izdebski R., Skoczynska A., Grzesiowski P., Gniadkowski M., Hryniewicz W.
    Phenotypic and molecular analysis of penicillin-nonsusceptible Streptococcus pneumoniae isolates in Poland.
    Antimicrob Agents Chemother., 2007, 51(1) : 40-7
  10. Skoczynska A, Kadlubowski M, Wasko I, Fiett J, Hryniewicz W.
    Resistance patterns of selected respiratory tract pathogens in Poland.
    Clin. Microbiol. Infect., 2007, 13(4) : 377-83