Pracownia Metod Teoretycznych, Obliczeń i Informatyki (PD)

Zespół:

Kierownik: Prof. dr hab. n. farm. Aleksander Paweł Mazurek

Zespół Metod Teoretycznych
Prof. dr hab. Joanna Sadlej, tel.: 022-851-52-30, 022-841-48-69 wew. 355,

Doc. dr hab. Jan Czesław Dobrowolski, tel: 022-851-52-30, 022-841-48-69 wew.355,

Dr Małgorzata Jarończyk, tel.: 022-851-52-30, 022-841-48-69 wew.355,

Mgr n.farm. Grażyna Karpińska, tel.: 022-851-52-30, 022-841-48-69 wew.355,

Dr Wojciech Ozimiński, tel.: 022-851-52-30, 022-841-48-69 wew.355,


Zespół Fizykochemiczny
Dr. Franciszek Pluciński, tel.: 022-841-48-69 wew. 440,
Mgr n. farm. Krzysztof Pawłowski, tel.: 022-841-48-69 wew. 447,

Działalność PD:

Działalność naukowa PD

Badania prowadzone są za pomocą metod chemii kwantowej i metod modelowania molekularnego z wykorzystaniem technik komputerowych.

Najważniejsze problemy badawcze dotyczą:

  • substancji aktywnych wobec receptorów histaminowych i serotoninowych,
  • wiązania wodorowego molekuł czynnych farmakologicznie,
  • izomerii cząsteczek aktywnych biologicznie m.in. konformacji, tautomerii, i efektu podstawnikowego
  • spektroskopii IR, VCD i NMR molekuł o znaczeniu farmakologicznym,
  • izomerii topologicznej,
  • badania molekularnych mechanizmów oporności wielolekowej komórek wobec leków przeciwnowotworowych z wykorzystaniem chemii kwantowej.

Projekty badawcze PD:

Realizacja tematów Planu Naukowego NIZP - 2007
1.18: Zastosowane chromatografii do badania leków chiralnych
2.14: Badania molekularnych podstaw oddziaływań lek-receptor
2.15: Badania molekularnego mechanizmu oporności lekowej komórek wobec wybranych leków przeciwnowotworowych za pomocą metod chemii kwantowej
2.17: Badania teoretyczne oddziaływań międzymolekularnych substancji biologicznie czynnych metodą oscylacyjnego dichroizmu kołowego VCD
2.18: Badania strukturalne związków farmakologicznie czynnych
2.19: Badania teoretyczne wpływu podstawnika na tautomerię benzodiazoli i ich aza analogów
2.56: Opracowanie skali efektu podstawnikowego w oparciu o obliczenia metodą NBO (Natural Bond Orbitals)
2.57: Badania teoretyczne tautomerii w układach guanazolu, guanozyny oraz ich analogów

Źródła Finansowania PD w 2007 r:

  • Badania statutowe NIL
  • Grant indywidualny KBN 3 T09A 088 28 (kierownik prof. J. Sadlej)
  • Grant promotorski KBN 3 T09A 032 29 (dla mgr. M. Jarończyk, kierownik prof. Z. Chilmonczyk)

PD wspólpracuje z:

  • Ośrodkami naukowymi w kraju: Wydział Chemii UW, Instytut Chemii Przemysłowej, Instytut Chemii Fizycznej PAN, Instytut Chemii Organicznej PAN, SGGW, PZH, Instytut Chemii Akademii Świętokrzyskiej, Interdyscyplinarne Centrum Modelowania Matematycznego i Komputerowego UW.
  • Ośrodkami naukowymi za granicą: University of Tromso w Norwegii; Hebrew University w Jerozolimie, Uniwersytet Isparta, Turcja.

PD - Publikacje od 2004 roku.

  • J. Sadlej, J. Cz. Dobrowolski, J. E. Rode, M. H. Jamróz,
    Density Functional Theory Study on Vibrational Circular Dichroism as a Tool for Analysis of Intermolecular Systems: (1:1) Cysteine-Water Complex Conformations,
    J. Phys. Chem. A, 2007,111,10703-10711.
  • J. Cz. Dobrowolski, M. H. Jamróz, R. Kołos, J. E. Rode, J. Sadlej,
    Theoretical prediction and the first IR-matrix observation of several L-cysteine molecule conformers,
    ChemPhysChem., 2007,8, 1085-1094.
  • J. K Maurin, F. Pluciński, A. P Mazurek, Z. Fijałek
    The usefulness of simple X-ray powder diffraction analysis for counterfeit control-The Viagra((R)) example.
    J Pharm Biomed Anal. 2007, 43, 1514-1518
  • J. E. Rode, J. Cz. Dobrowolski,
    Variation of BCP ellipticities in the course of the pericyclic and pseudopericyclic [2 + 2] cycloaddition reactions of cumulenes,
    Chem. Phys. Lett., 2007,449, 240-245.
  • M. E. Jamróz, M. Jarosz, J. Witowska-Jarosz, E. Bednarek, W. Tęcza, M. H. Jamróz, J. Cz. Dobrowolski, J. Kijeński,
    Mono-, di-, and tri-tertbutyl ethers of glycerol. A molecular spectroscopic study,
    Spectrochim. Acta, A., 2007,67,980-988.
  • J. Cz. Dobrowolski, J. E. Rode, J. Sadlej,
    Cysteine conformations revisited,
    J. Mol. Struct. (Theochem), 2007,810,129-134.
  • W. P. Ozimiński, P. Garnuszek, E. Bednarek, J. Cz. Dobrowolski,
    The Pt(II) and Pt(IV) Complexes with Histamine,
    Inorg. Chim. Acta, 2007,360,1902-1914.
  • J. E. Rode, J. Cz. Dobrowolski,
    An ab Initio Study on the Allene-Isocyanic Acid and Ketene-Vinylimine [2+2] Cycloaddition Reactions Paths
    J. Phys. Chem., 2006, 110, 3723-3737.
  • J. Sadlej, J. Cz. Dobrowolski, J. E. Rode, M. H. Jamróz,
    DFT study of vibrational circular dichroism spectra of D-lactic acid-water complexes,
    Phys. Chem. Chem. Phys., 2006. 8,101-113.
  • J. E. Rode, J. Cz. Dobrowolski,
    The Reaction Paths of the [2+2] Cycloaddition of the X=C=Y Molecules (X, Y=S or O or CH2). An ab Initio Study,
    J. Phys. Chem., 2006, 110, 207-218.
  • M. Grudzień, F. Pluciński, A. P Mazurek
    Molecular properties of econazole and sulconazole relevant to bioavailability
    Acta Pol Pharm 2006, 63, 465-466.
  • W. P. Ozimiński, J. Cz. Dobrowolski,
    On tautomerism, planarity, and vibrations of phospholes,
    Chem. Phys., 2005, 313,123-132.
  • M. Jarończyk, J Cz. Dobrowolski, Aleksander P. Mazurek,
    Tautomerism of 1,3-diphospholes. A DFT study,
    Chem. Phys. Lett., 2005, 406,173-178.
  • J. Cz. Dobrowolski, J. E. Rode, R. Kołos, M. H. Jamróz, K. Bajdor, A. P. Mazurek,
    Ar-matrix IR Spectra of 5-Halouracils Interpreted by Means of DFT Calculations,
    J. Phys. Chem., 2005, 109, 2167-2182.
  • J. Cz. Dobrowolski, A. P. Mazurek,
    Model Carbyne vs. Ideal and DNA Catenanes,
    J. Chem. Inf. Model., 2005, 45,1030-1038.
  • J. Cz. Dobrowolski, J. Sadlej, A. P. Mazurek,
    An ab initio study on monocyclic ?-lactam antibiotics,
    J. Mol. Struct. (Theochem),684(2004)181-186.
  • J. E. Rode, E. D. Raczyńska, E. Górnicka, J. Cz. Dobrowolski,
    Low inversion energy barrier of cytisine NH group - an expanation for the FT-IR signals splitting,
    J. Mol. Struct., 2005, 749, 51-59.
  • J. Cz. Dobrowolski, R. Kawęcki,
    Interaction of sulfinimines with boron trifluoride. A theoretical study,
    J. Mol. Struct., 2005, 734, 235-239.
  • M. Jarończyk, J. Cz. Dobrowolski, A. P. Mazurek,
    Theoretical studies on tautomerism and IR spectra of pyrazole derivative,
    J. Mol. Struct. (Theochem),2004,673, 17-28
  • W. P. Ozimiński, J. Cz. Dobrowolski, A. P. Mazurek,
    DFT studies on tautomerism of C5-substituted 1,2,4-triazoles,
    J. Mol. Struct. (Theochem), 2004, 680, 107-115
  • J. Cz. Dobrowolski, J. Sadlej, A. P. Mazurek,
    An ab initio study on monocyclic ?-lactam antibiotics,
    J. Mol. Struct. (Theochem),2004, 684, 181-186.
  • A. A. Strzelczyk, M. Jarończyk, Z. Chilmonczyk, A. P. Mazurek, E. Chojnacka-Wójcik, I. Sylte,
    Intrinsic activity and comparative molecular dynamics of buspirone analogues at the 5-HT1A receptors
    Biochem. Pharmacol., 2004, 67, 2219-2230
  • E. Górnicka, J. E. Rode, E. D. Raczyńska, B. Dasiewicz, J. Cz. Dobrowolski,
    Experimental (FT-IR and Raman) and theoretical (DFT) studies on the vibrational dynamics in cytisine,
    Vibr. Spectr. 2004, 36, 105-115.